Στεγάζεται στο παραδοσιακό κυκλαδίτικο σπίτι του 19ου αιώνα που ανήκε σε θρυλικό πλοίαρχο που με το πλοίο του βοήθησε καθοριστικά τους Κρήτες στους αγώνες εναντίον των Τουρκων και λέγεται το "Ναυτικό Μουσείο του Αιγαίου".

Σε έναν νέο χώρο στο Πέραμα επέστρεψε σύμφωνα με την Ναυτεμπορική, έπειτα από τέσσερα χρόνια απουσίας, το Μουσείο Ναυτικής Παράδοσης το οποίο βρισκόταν στην Αποθήκη Ε2, στο λιμάνι του Πειραιά.